Analyses génétiques

L'évaluation de l'intensité de l'effet barrière de chaque ILT est ainsi réalisée via l'analyse des profils génétiques des individus situés de part et d'autre des ILTs afin de vérifier si le brassage génétique est assuré entre les populations (processus indispensable pour assurer la diversité génétique des populations et diminuer ainsi le risque de consanguinité au sein de ces populations, gage de survie à long terme des populations). Cette approche nous permet de comprendre la structuration génétique des populations et d'identifier les groupes génétiques présents à travers la zone d'étude.

Pour pouvoir réaliser des analyses génétiques individu-centrées, la collecte est organisée selon un maillage d’hexagones d’environ 1000 ha chacun, à raison de 1 tissu de chevreuil, 1 tissu de sanglier et 2 fèces (crottes) de martre par cellule.

Mise à jour en novembre 2023

Les analyses sont menées à partir des profils génétiques des individus issus des populations de chevreuil, de sanglier et de cerf sur la base d'échantillons de tissus (oreille, muscle).

Concernant le chevreuil et le sanglier, l'objectif de collecte est d'obtenir 50 échantillons de tissus par espèce et par zone (Ouest, Centre, Est) sur animaux prélevés à la chasse, soit 150 échantillons de chevreuils et 150 échantillons de sanglier.

La collecte des échantillons a été réalisée par la Fédération des chasseurs des Ardennes (merci aux coordinateurs et collecteurs), permettant ainsi de récupérer 134 tissus de sangliers et 154 tissus de chevreuils lors des saisons de chasse 2020-2023. A partir de cette collecte, 120 profils génétiques chez le sanglier et 142 chez le chevreuil ont pu être obtenus et exploités pour les analyses génétiques comparatives.

Quant au cerf, la collecte des échantillons a été réalisée dans un précédent programme de recherche mené par l'URCA-CERFE, entre 2016 et 2020 (voir programme "CORRIDORS" depuis le site internet du CERFE). Les prélèvements de tissus se sont effectués sur animaux tués à la chasse et collectés également par les chasseurs via le réseau de la Fédération des chasseurs des Ardennes. 101 profils génétiques ont ainsi pu être obtenus (localisations illustrées sur la carte ci-dessous).

Pour les martres, l'objectif est d'obtenir 300 échantillons de fèces au total (100 échantillons / zone) pour espérer obtenir le profil génétique de 50 individus différents par zone. 

La collecte des fèces a aboutit à 343 échantillons. Un premier envoi de 197 fèces en septembre 2022 au laboratoire d'analyses (Laboratoire des Pyrénées et des Landes) a permis d'obtenir 50 profils génétiques. Un second envoi de 89 échantillons est en attente de fonds pour les analyses au laboratoire et compléter le jeu de données.

Au regard du faible nombre de profils génétiques acquis pour le moment, les analyses n'ont pas été réalisées car elles ne garantiraient pas de résultats fiables et robustes, ne nous permettant pas de conclure sur la structuration génétique des populations en place.

Les analyses de la structuration génétique des populations visent à définir le nombre de populations le plus vraisemblable au sein de l'ensemble des individus sans à priori d'appartenance à une population d'origine.

En considérant les cerfs et les sangliers, l'ensemble des analyses (méthode de regroupement via les logiciels STRUCTURE et GENELAND ainsi qu'une Analyse en Coordonnées Principales) ont aboutit à deux groupes génétiques au sein de l'ensemble des individus analysés pour chacune des espèces. La rupture génétique est ainsi observée au niveau de l'autoroute A34 : les individus localisés de part et d'autre de l'A34 appartiennent à deux populations génétiques différentes tandis que ceux répartis autour du canal des Ardennes appartiennent à un même groupe génétique. Néanmoins, cette structuration est moins marqué chez le sanglier que chez le cerf.

L'autoroute A34 a donc un effet barrière sur le flux génétique chez le cerf et le sanglier augmentant ainsi le risque de consanguinité au sein des populations qui se retrouvent isolées entre-elles.

Contrairement aux espèces précédentes, le flux génétique entre les populations de chevreuil n'est pas impacté par la présence de l'autoroute et du canal. Les analyses ne montrent aucune structuration génétique des populations. L'ensemble des individus appartient donc à une même population génétique. La diversité génétique est donc assurée et le risque de consanguinité est évité.